富士山的山小屋位於各路線五合目以上的位置，基本上會在開山期間營業。為了平安到達山頂，建議視自身體力選擇適當地點的山小屋住宿一晚。請事先確認需使用的時間，若要住宿務必事先預約
吉田線（最熱門、設施最齊全）
起點富士斯巴魯線五合目（約 2300m），新手首選，山屋密度最高。
- 富士山みはらし（五合目）：可做高度適應的初段住宿，餐飲與暖氣齊全，適合抵達當晚休息。
- 花小屋（七合目，2720m）：歷史悠久的山屋，大通鋪為主，提供熱咖哩、味噌湯等簡餐，夜間能觀星。
- 御來光館（八合五勺，3450m）：吉田線最搶手的山屋之一，位置極佳，打開門窗即可直視日出；含早晚餐，被褥齊備，缺點是旺季常爆滿。
- 扇屋 / 山口屋（山頂）：山頂少數營業的小屋，以簡餐、熱飲與臨時休息為主，住宿空間有限，適合完成登頂後補給。
須走線（人少、自然景觀濃郁）
起點須走口五合目（約 2000m），八合目後與吉田線匯合；山屋數量少，環境清靜。
- 山莊菊屋（五合目）：須走線經典入門山屋，提供日式定食與溫泉水洗手台，房間以通鋪為主，適合慢活登山客。
- 長田山莊（六合目）：位於樹林帶邊緣，空氣清新，餐點強調在地食材，也有少量獨立小房間。
- 下江戶屋（八合目）：須走線最後一個獨立山屋，過此處後即與吉田線合流；屋內氛圍溫馨，常見登山客在此交換登山心得。
- 往上即共享吉田線的御來光館與山頂小屋。
富士宮線（距離最短、坡度最陡）
起點富士宮口五合目（約 2400m，四線最高起點），適合體力充沛、想快速登頂的人。
- 寶永山莊（五～六合目）：鄰近寶永火山口遺跡，可遠眺富士南麓景觀；提供暖爐與豐盛晚餐，夜間安靜。
- 御來光山莊（新七合目，2780m）：富士宮線核心山屋，樓層高，部分房間有觀景窗，含餐，且有獨立的衛生區域，相對舒適。
- 萬年雪山莊（九合目 / 山頂前）：登頂前最後一個主要駐點，房間緊湊但保暖良好，早餐會提前準備，方便登山客凌晨出發衝頂。
御殿場線（路程最長、落差最大）
起點御殿場口新五合目（約 1440m），山屋數量最少，多為資深登山者選擇。
- 草鞋館（わらじ館，七合目）：御殿場線最核心的山屋，過了此處往山頂的補給點極少；提供熱食、睡袋與簡易醫療用品，空間不大但功能性強。
- 富士見館（八合目）：位置開闊，可遠望富士山頂輪廓；主要做中途休息與餐飲，住宿床位有限，建議提前確認。
- 更高處與富士宮線、吉田線匯合，共享山頂的扇屋、山口屋等小屋。
山屋通用注意事項
山屋內全面禁煙，電力有限，手機充電可能需額外付費或限制時間。
絕大多數為男女混住大通鋪，幾乎無淋浴（高山水資源珍貴），廁所多為付費環保型（約 200–300 日圓）。
費用通常包含 1–2 餐，海拔越高價格越貴；可額外購買飲用水、巧克力、登山杖等補給。
旺季（週末、盂蘭盆節）預約競爭激烈，部分熱門山屋採完全預約制，未預約者不得入住。